Webmin上でMySQLには一度はアクセスするべし。

LANPサーバーとして構築してあるので、MySQLは組み込まれているのですが、rootのパスワードが認識されていませんので、認識させておく必要があります。

Virtualminをインストールするのに、ここでずっと引っかかっておりました。
webminでサーバーを選択し、MySQLを選び、root、パスワードを入れてやります。